医療機器を導入・管理する医療機関にとって、設備投資にかかる費用だけでなく、税務面の対応も重要な課題です。とくに見落とされやすいのが固定資産税の存在。新品はもちろん、中古で購入した機器であっても、課税対象となることがあります。

しかし、固定資産税に関する情報は一般的に分かりづらく、課税の仕組みや判断基準に不安を感じる方も多いのではないでしょうか。

この記事はこんな方におすすめです。

・新品・中古医療機器の固定資産税について知りたい

・医療機器の課税条件や耐用年数を確認したい

・使わなくなった医療機器の売却・処分を検討している

本記事では、課税対象の判断基準から耐用年数、売却・除却時の対応までを、医療機関向けにわかりやすく解説します。

医療機器に固定資産税はかかる？課税対象となる条件を解説

医療機器を導入する際に注目されがちなのは、導入費用や維持費です。しかし、もうひとつ見逃せないのが、税務上の対応としての固定資産税です。

固定資産税は、所有している設備や機器が償却資産に該当するかどうかにより、課税の有無が決まります。結論として、医療機器は多くの場合、固定資産税の課税対象になります。以下の条件に該当する場合は、償却資産としての申告が必要です。

・医療機関が所有している（法人・個人事業問わず）

・事業のために使用している

・取得価格が10万円以上（または一定基準以上）である

・減価償却の対象である

なお、リース品や少額償却資産（150万円未満）などは非課税扱いとなる場合もあるため、個別判断が重要です。固定資産税は毎年1月1日時点の保有状況に応じて課税されます。そのため導入時だけでなく、保有状況の管理と見直しも重要です。

なぜ医療機器に税金がかかるのか？

医療機器は、事業のために使用される償却資産です。したがって、固定資産税の課税対象となることが一般的です。償却資産とは、企業が事業のために保有する機械、器具、備品などで、経年劣化によって価値が減少していく資産を指します。

医療機関が所有する診断装置や検査機器も、繰り返し使用されることで年々価値が減少していくため、この償却資産に該当します。そのため、法律上、医療機器も固定資産税の申告対象となることが多いのです。

税額は取得価額と耐用年数に基づいて評価額が計算され、自治体から課税されます。正確な税務処理を行うためにも、課税の仕組みをしっかり理解しておくことが大切です。

課税・非課税を分ける判断ポイントと具体例

医療機器が課税対象となるかどうかは、所有形態や使用状況によって判断が分かれます。以下は主なケースの一例です。

課税対象となるケース

・医療機関が海外医薬品を輸入する方法
例：超音波診断装置、内視鏡、心電計など

・申告する償却資産の合計課税標準額が150万円を超える場合
小規模事業者向けの「少額資産の非課税特例」の対象外となり、申告・課税の対象

・帳簿上に残っている未使用機器
使用していなくても、除却していない限り課税対象

課税対象外となるケース

・リース契約で借りている医療機器
所有権がリース会社にあるため課税対象外

・取得価額が150万円未満の少額償却資産（特例適用時）
小規模事業者向けの非課税特例の条件を満たしていれば、申告不要になる可能性あり

判断には、金額だけでなく契約内容や帳簿管理の状況まで確認することが重要です。

中古で購入した医療機器にも固定資産税はかかる？

中古で医療機器を導入した場合でも、固定資産税の課税対象となる可能性があります。新品と同様、一定の条件を満たすと「償却資産」として扱われ、申告義務が発生します。

課税判断のポイントとなるのは、以下のような基本条件です。

・誰が所有しているか

・事業に使用しているか

・減価償却の対象であるかどうか

これらに加えて、中古品の場合は取得価額の算出方法や耐用年数の取り扱いも重要な要素となります。

たとえ中古品であっても、医療機関が自院で使用する目的で購入し、帳簿に計上している場合は、固定資産税の申告が必要になるケースが多いため注意しましょう。

次の項目では、中古品の評価額や耐用年数がどのように取り扱われるのかについて、詳しく解説します。

中古品の取得価額と評価額の考え方

中古で購入した医療機器は、取得価額をもとに固定資産税の評価額が計算されます。

取得価額とは、購入価格に加えて運搬費や設置費など、取得に直接かかった費用を含めた金額です。

たとえば、ある中古の内視鏡装置を100万円で購入し、設置費用として20万円が発生した場合、取得価額は120万円として扱われます。

評価額はこの取得価額をもとに、「残存価額（通常は取得価額の5％）」と「法定耐用年数」に基づいて毎年減価償却され、翌年以降の税額が変動します。

なお、帳簿上に記載された価格が実際の取引額よりも著しく高い、あるいは低い場合は、税務署や自治体の判断により修正が求められることもあります。

中古品は新品と比べて購入価格が低いケースが多いものの、評価の基準はあくまで「実際の取得価額＋付随費用」であるという点に注意が必要です。

償却年数は新規購入とどう違う？

中古で購入した医療機器の償却年数（耐用年数）は、原則として新品購入と同じ法定耐用年数が適用されます。しかし、すでに使用された資産であることから、税務上は「見積耐用年数」として短縮が認められる場合も多いでしょう。

見積耐用年数とは、実際の使用状況や残存寿命をもとに合理的に設定する耐用年数のことです。たとえば、法定耐用年数が8年の装置を3年間使用した後に購入した場合、残存5年ではなく、実際の劣化状況をふまえて3年などと再設定することが可能になります。

ただし、見積耐用年数の適用には明確な根拠や証明書類が求められる可能性が多いです。そのため、自己判断での短縮は避けましょう。税理士などの専門家に相談し、適切な処理を行うことをおすすめします。

医療機器を売却・処分した場合の税務処理

医療機器は導入後も、定期的なメンテナンスや更新が発生します。古くなった機器を売却・処分する際にも、税務上の正しい対応が必要です。

とくに、償却資産として登録されている機器を売却・廃棄する場合には、帳簿の処理や固定資産税の申告内容にも影響が生じるため、注意しましょう。

適切な処理が行われていないと、使用していない機器に対しても税金を支払い続けるリスクがあります。

本セクションでは、売却時・処分時の具体的な手続きと、税務上の注意点についてわかりやすく解説いたします。

償却資産として登録された機器を売却するときの手続き

医療機器を売却する場合、その機器が償却資産として固定資産税の申告に含まれているかを確認することが大切です。

もし、過去に申告していた償却資産を売却する場合は、翌年の固定資産税申告で「所有していないこと」を自治体に報告する必要があります。この報告を行わないと、すでに手放した機器に対しても課税が続いてしまう可能性があるので注意が必要です。

具体的には、減少資産（除却・売却）として申告書に記載し、帳簿からも削除（除却処理）します。また、売却時には売却損または売却益が発生することもあります。会計処理もあわせて見直しておくと安心です。

さらに、売却に関する契約書や領収書は、証拠資料としてしっかり保管しておきましょう。税務調査が入ったときに、正しく処理したことを説明できるようにしておくことが大切です。

帳簿残高と固定資産税の関係

固定資産税は、帳簿上に残っている資産の「残高（未償却残高）」をもとに評価されます。

したがって、医療機器を売却・処分した後でも、帳簿に残ったままの資産は、引き続き課税の対象となるリスクがあるのです。

たとえば、すでに使っていない古い内視鏡装置が帳簿に「残存価額20万円」で残っていると、その金額が償却資産として課税評価の対象になってしまいます。実際には処分済みでも、帳簿に残っている限り、所有しているとみなされるのです。

また、帳簿上の処理と固定資産税の申告内容にズレがあると、税務署や自治体から問い合わせを受ける可能性もあります。定期的に帳簿を見直し、不要になった資産は速やかに除却処理を行うことが大切です。

帳簿と申告内容を正しく連動させることで、無駄な課税を防ぎ、税務リスクも軽減できます。

未申告・誤申告を防ぐには？

固定資産税の申告は、毎年1月1日時点で保有している償却資産をもとに行います。しかし、忙しい医療現場では、「うっかり申告漏れ」「売却済みなのに除却し忘れ」などが起こりやすいのが実情です。誤申告や未申告によるペナルティのリスクもゼロではありません。

こうしたトラブルを防ぐには、次のような対応が有効です。

・導入・売却のたびに資産台帳を更新する

・毎年、償却資産の一覧と帳簿の内容を照合する

・固定資産税の申告時期（例：1月～2月）を事前にカレンダー登録しておく

・税理士や経理担当者と申告内容をダブルチェックする

特に中古機器の売却後など、処分済み資産の帳簿残高の確認と除却処理は見落とされやすいポイントです。

申告ミスは後から修正することもできます。しかし、余計な手間や税金が発生する恐れもあるでしょう。普段からの資産管理が最も重要な防止策となります。

医療機器の耐用年数（中古にも適用される基準）一覧表

医療機器を導入・保有するうえで、税務処理や固定資産税に深く関わってくるのが耐用年数の考え方です。この耐用年数は、国税庁が公表している「減価償却資産の耐用年数等に関する省令」によって、資産の種類ごとに明確に定められています。

中古で導入した医療機器についても、原則として新品と同じ法定耐用年数が適用されます。ただし、機器の経過年数や実際の使用状況などを考慮し、見積耐用年数として短縮設定することが認められるケースもあります。この場合、合理的な根拠が必要なので、税理士などの専門家に相談することを推奨します。

以下は、国税庁の耐用年数表に基づく主な医療機器の法定耐用年数です。中古機器にもこれらの基準が参考として適用されます。売却や固定資産税の申告時の判断材料としてご活用ください。

代表的な医療機器の耐用年数一覧（国税庁分類に基づく）

機器区分	耐用年数	補足事項
消毒殺菌用機器	4年	高温・高圧滅菌装置など
手術機器	5年	手術台、電気メス等
血液透析・血しょう交換用機器	7年	透析装置など
機能回復訓練機器（作動部を有するもの）	6年	ハバードタンク等
調剤機器	6年	自動分包機など
歯科診療用ユニット	7年	チェア、照明等を含む
光学検査機器	6年	眼科用検査装置など
ファイバースコープ	8年	内視鏡・電子スコープ等
X線・レントゲン等の電子装置機器	6年	固定式診断装置（移動式は4年）
移動式・救急医療用電子装置	4年	ポータブル診断装置等
自動血液分析装置	6年	生化学分析装置など

※本表は、国税庁「減価償却資産の耐用年数等に関する省令」に基づき作成しています。

参考リンク：国税庁｜減価償却資産の耐用年数等に関する省令（PDF）

これらの年数は、減価償却および固定資産税の評価に使用する法定耐用年数です。医療機器の導入・売却・処分のいずれの場面でも重要な指標となります。資産管理台帳などとあわせて定期的に確認しましょう。

なお、実際の機器や使用状況によっては、耐用年数の判断に幅が生じるケースもあります。制度の解釈や適用に迷われた際は、税理士など専門家への相談が確実です。

節税・資産管理のための中古機器活用術

医療機器の導入において、近年注目されているのが中古機器の活用です。導入コストの削減だけでなく、固定資産税や減価償却の面でも、中古ならではのメリットがあります。

また、不要な機器を長期間保有し続けることは、固定資産税だけでなく管理コストやスペースの面でも不利に生じることもあります。機器の状態や使用頻度に応じて、中古機器の導入と不要機器の早期売却をうまく組み合わせることで、節税と効率的な資産管理の両立が可能になるでしょう。

このセクションでは、新品との違いや制度の活用法を交えながら、中古医療機器の賢い使い方をご紹介します。

新品とのコスト差／税制面の違い

中古医療機器の最大のメリットは、導入コストが抑えられる点です。新品と比べて、初期投資を軽減できる場合があります。

また、中古機器は状態に応じて見積耐用年数を設定できるケースもあります。その結果、新品よりも短い期間で全額を償却することも可能です。これにより、費用を早めに計上できるため、利益を圧縮しやすく節税効果も早期に期待できます。

さらに、取得価格が新品よりも低いため、資産としての残高が帳簿に長く残らず、帳簿管理と税務処理の整合性も取りやすくなります。このように、導入・償却・資産管理のバランスがとりやすいのが中古機器のもう一つの魅力です。

ただし、中古機器の導入にはデメリットもあります。

・保証が短い・ない

・耐用年数（残存寿命）が短い

・最新機能・技術が搭載されていないことがある

・購入元・状態によって品質に差がある

上記の点も考慮した上で、導入を検討することが大切です。

不要な機器の早期売却による管理コスト削減

使用されなくなった医療機器を長期間保有していると、固定資産税・保守費用・保管スペースなどの管理コストが積み重なります。

帳簿上に資産として残っている限り、毎年の償却資産申告においても課税対象となる可能性があるため、注意が必要です。

こうしたリスクを回避するためには、使用予定のない機器は早めに売却・除却することが効果的です。とくに市場価値が残っている段階での売却であれば、資金回収と節税の両方にメリットが生まれます。

その際は、医療機器の買取に特化した専門業者への相談が安心です。株式会社クオンヘルスケアでは、医療機関に特化した丁寧な査定とスピーディな対応で、不要機器の売却をしっかりサポートいたします。

不要な医療機器は早めに売却して、経理や税務の管理負担を軽減しましょう。

小規模事業者向けの非課税制度も活用可能

小規模な医療機関にとって、償却資産にかかる固定資産税の負担は軽視できません。そこで活用したいのが、少額償却資産の非課税特例制度です。

この制度は、課税標準額の合計が150万円以下である場合、償却資産全体が非課税扱いとなるものです。中古機器をうまく活用すれば、取得価額を抑えつつ設備導入ができ、制度の対象に収まる可能性も高くなります。（参考リンク：固定資産税（償却資産）申告の手引き（PDF））

ただし、自治体によって運用が異なる場合があります。制度の適用条件や申告方法について事前に確認しておくことが重要です。

節税の選択肢として、ぜひ積極的に活用を検討してみてください。

中古医療機器の売却・買取はクオンヘルスケアにお任せください

医療機器を売却・処分する際には、固定資産税や帳簿管理など、税務面の対応が欠かせません。不要な機器を長く保有し続けることは、課税リスクや管理コストの増加にもつながります。そのため、早めの見直しが重要です。

株式会社クオンヘルスケアは、医療機器の買取専門業者として、全国の病院・クリニックの皆さまからご相談をいただいております。機器の状態や形式に応じた適正な査定と迅速な対応で、安心・スムーズな売却をサポートいたします。

「この機器は売れるの？」「帳簿上どう処理したら？」などのお悩みも、お気軽にご相談ください。

経験豊富なスタッフが、買取から税務上のご相談まで丁寧に対応いたします。

この記事の著者

株式会社クオンヘルスケア

株式会社クオンヘルスケアでは、MRIやCTなどの大型機器から内視鏡システム超音波診断装置までさまざまな中古医療機器を販売します。

本社所在地	〒590-0025 大阪府堺市堺区向陵東町3-2-20
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